診所申報執行業務所得之時，可依財政部所頒定的費用率，直接逕行申報，亦可自行設帳，並依據診所的帳載金額，申報『執行業務所得損益計算表』；前者的申報方式，較為方便，而後者，則較為符合診所真實營運的成果。

然而，當診所依據設帳金額，填具當年度執行業務所得損益計算表時，除應留意申報書上，申報金額欄、自行調整後金額欄的填具應注意事項外，自行調整後金額欄，最下方的【純益率】與【本年度所得額】，亦有應留意的細節與適用要件。

其中，當診所以設帳申報執行業務所得之時，自行調整後金額欄下的純益率，有以下三種決定方式：

一、按書審純益率核定
財政部每年會公佈執行業務所得者，適用的書審純益率，如：中西醫20%、牙醫25%，故診所於申報之前，要留意需同時符合以下兩個要件：
(一)依法入帳後的申報金額欄所得額，應該低於自行調整後金額欄；且
(二)自行填寫調整後金額欄的純益率，需達書審純益率以上標準。
才能適用依據書審純益率申報的方式。

依據診所前三年純益率平均值，核定為診所的純益率，但計算前三年純益率平均值時，須留意以下限制：